O curso de mestrado do Ital se iniciou em 2015 e recebeu em 2017 o Conceito 3 referente ao triênio de 2014-2016, sendo que as primeiras teses foram defendidas em 2017. Na avaliação quadrienal de 2017-2020 o curso recebeu o Conceito 4. Toda a estrutura do curso vem sendo aperfeiçoada desde a sua criação, com formação de alunos e geração de dissertações e artigos de alta qualidade, alinhadas com a missão do Ital de transformar o conhecimento científico em ações que tragam maiores benefícios à sociedade relativos à segurança alimentar, saudabilidade, inovação e sustentabilidade dos processos no setor alimentício.